Fundatorką klasztoru była Joanna Lubieniecka, która z wdzięczności za uratowanie życia w czasie rabacji w 1846 roku przekazała karmelitom swój majątek. Posiadłość przeszła na własność klasztoru, na mocy testamentu w 1855 r. Budowa murowanego dworku w Lipinach przypadła na czas administrowania dobrami przez przeora O. Klemensa Kiedzucha, w latach 1886-89. Odbudował też inne walące się budynki. Parterowy dworek od strony zewnętrznej charakteryzuje ryzalit zakończony trójkątnym szczytem, zakończonym krzyżykiem. Z boku dostrzegamy podcień przypominający portyk z arkadami. Przed elewacją frontową znajduje się taras z balustradką tralkową. Niektóre okna otrzymały pseudogotyckie obrysy. Wokół domu zakonnego rozciąga się założony przez Lubieniecką w połowie XIX wieku czterohektarowy park, po którego południowej stronie znajduje się zespół zabudowań gospodarskich dawnego przydworskiego folwarku.
W 1944 r. w piwnicach klasztoru więziony był Otto Schimek – żołnierz wermachtu, który sprzeciwiał się wykonaniu egzekucji na ludności cywilnej i za to został stracony. W czasie wojny dawał zawsze przykład wielkiego humanizmu, wyniesionego z katolickiego wychowania. Grób znajduje się na cmentarzu parafialnym w Machowej.
W 1935–1939 r. wielokrotnie przebywał tu wraz z klerykami ówczesny prefekt seminarium, później przeor klasztoru w Krakowie bł. Paweł Hilary Januszewski – męczennik II wojny światowej, który oddał swoje życie 1945 r. w Dachau posługując chorym na tyfus.